Kostel Narození sv. Jana Křtitele a jeskyně sv. Ivana. Raně barokní stavba z let 1657-1661 podle plánů C. Luraga s bohatou vnitřní výzdobou. Uprostřed kostela stojí náhrobek sv. Ivana, kde je umístěna schránka se světcovými ostatky. Kostel je propojen se starým skalním kostelem – jeskyní sv. Ivana. V části skalního kostela je zachována přirozená travertinová jeskyně, zdobená původní krápníkovou výzdobou. Hned vedle kostela, pod oknem Ivanovy jeskyně vyvěrá silný pramen léčivé vody, Pramen svatého Ivana.
V kostele se nacházejí jeskynní prostory, v nichž podle legendy žil a byl pochován v 9. století
poustevník Ivan, syn polabského (obodritského) knížete Gostimysla (zkoumání kosterních pozůstatků potvrdilo, že kostra je tisíc let stará, že to byl muž, který žil dlouho ve vlhku a živil se vegetariánsky). Místními lidmi byl od začátku považován za svatého a za prvního českého světce, ještě před sv. Ludmilou a sv. Václavem.
Nejkrásnější ve Svatém Janu je (50-60 m vysoký) pás impozantních vápencových masivů
Svatojánské skalní stěny, která se v nejvyšším místě vypíná do výšky 150 m nad klášter a dominuje tak celému okolí.
Asi v polovině cesty k vyhlídce u kříže na vrcholu skály, na ostrohu nad údolím, je barokní
kaple Povýšení svatého Kříže z roku 1714.
V obci je hřbitov s
kaplí svatého Maxmiliána v neogotickém slohu, kterou projektoval Bernhard Grueber. V kryptě kaple se nachází rodinná hrobka Bergerů. Kapli s rodinnou hrobkou dal postavit v letech 1847–1849 JUDr. Maxmilián Berger, předseda spolku pro postavení Národního divadla v Praze.
Svatým Janem protéká
potok Loděnice, místně nazývaný Kačák, který na svém zbývajícím toku k ústí do Berounky proráží pod kopcem Třesina u nedaleké vesnice Hostim ukloněné souvrství devonských vápenců a vytváří působivou skalní stěnu.
