Základní kámen stavby raně barokního kostela sv. Jana Křtitele osobně položil v roce 1657 císař Leopold I. Projekt kostela vypracoval italský stavitel Carlo Lurago. Podle svatojanského kostela dostala jméno i přilehlá obec.
Poustevník svatý Ivan se v těchto místech podle pověsti usadil zhruba v polovině 9. století. První písemná zmínka o místě pochází
z roku 1030, kdy kníže Břetislav I. daroval kapli sv. Jana benediktinskému klášteru Ostrov u Davle, který zde v polovině 11. století u jeskyně svatého Ivana založil dceřiný klášter.
Klášter ve Svatém Janu pod Skalou byl postaven na místě jeskyně legendárního poustevníka svatého Ivana a zrušen byl za Josefa II. Majetek kláštera byl rozprodán v dražbě.
Prvním majitelem se stal hrabě Sweerts-Spork, později např. šlechtická rodina Bergerů.
Současné budovy vznikly v letech 1653–1661. V letech 1726–1731 přestavěl jižní a západní křídlo kláštera patrně Kryštof Dientzenhofer. Klášter byl zrušen roku 1785 a přeměněn na
zámek.
Zadní část kláštera byla využívána k průmyslové výrobě (
koželužna, přádelna, papírna), vždy bez valného ekonomického úspěchu.
V letech 1904–1912 budova kláštera fungovala jako moderně vybavené
lázně. Navštěvovali jej tehdy bratři
Karel a Josef Čapkové - přijížděli sem za svým otcem Antonínem, který zde v letech 1910-12 pracoval jako vrchní lázeňský lékař.
Roku 1914 církevní řád Školských bratří koupil budovu kláštera a zřídil zde učitelský ústav. Ten zde fungoval až do roku 1942, kdy byl německou okupační správou zrušen.
V této budově prožíl v dětství část svého života dramatik a herec
Jiří Suchý .
V roce 1949 se objektu zmocnila nastupující komunistická vláda, která jej začala využívat k nápravě politicky nežádoucích osob. Komunisté zde zřídili
tábor nucených prací. Bez soudu zde byli internováni lidé nepohodlní novému komunistickému režimu: především zemědělci – takzvaní kulaci, živnostníci, bývalí vysocí úředníci, diplomaté a jiní „záškodníci režimu“, aby se zde „naučili pracovat“. V letech 1953–1958 zde byla
věznice, později pak škola pro příslušníky komunistické tajné policie StB, nakonec od roku 1985
archiv ministerstva vnitra.
V současnosti v bývalém klášteře působí
Svatojánská kolej. Vyšší odborná škola pedagogická , a ekologické centrum Kavyl.
Rozloha obce Sv. Jan pod Skalou je 409 ha, má 213 obyvatel (rok 2024).
Pamětihodnosti obce
