Poustevník svatý Ivan se zde podle pověsti usadil zhruba v polovině 9. století.
První písemná zmínka o místě pochází z roku 1030, kdy kníže Břetislav I. daroval kapli sv. Jana benediktinskému klášteru Ostrov u Davle, který zde v polovině 11. století u jeskyně svatého Ivana založil dceřiný klášter.
Roku 1310 zde bylo zřízeno proboštství. V době husitských válek, v roce 1420, se do sv. Jana uchýlili benediktinští mniši z kláštera na Ostrově poté, co byl poničen a vydrancován.
Roku 1517 zde bylo založeno opatství.
Současné budovy vznikly v letech 1653–1661. V letech 1726–1731 přestavěl jižní a západní křídlo kláštera patrně Kryštof Dientzenhofer. Klášter byl zrušen roku 1785 a přeměněn na zámek.
Od roku 1925 zde byla škola, v letech 1953–1958 věznice, později pak škola pro příslušníky komunistické tajné policie StB, nakonec od roku 1985 archiv tehdejšího ministerstva vnitra.
V současnosti v bývalém klášteře působí Svatojánská kolej, Vyšší odborná škola pedagogická, a ekologické centrum Kavyl.
Čtyři roky po sametové revoluci, která přinesla nadšení z nabyté svobody a nových možností pro většinu z nás, dozrála myšlenka a touha manželů Fellnerových založit školu pro výchovu budoucích pedagogů.
Dne 29. 11. 1993 byly tyto plány stvrzeny Arcibiskupstvím pražským, které zřizovací listinou založili Vyšší pedagogickou školu. Ještě dva roky však trvalo, než se listina proměnila v realitu. Za velikého úsilí zakladatelů školy a jejich spolupracovníků byla dne 1. 9. 1995 zahájena výuka v prostorách bývalého Svatojánského kláštera, který se již tehdy mohl pyšnit bohatou pedagogickou minulostí. Mimo jiné proto, že zde od roku 1915 do roku 1942 fungoval učitelský ústav, který stihl vychovat přes tisícovku budoucích pedagogů.
Současnost:
Svatojánská kolej
– vyšší odborná škola pedagogická je katolická vyšší odborná škola založená v roce 1995 pražským arcibiskupstvím. Nachází se v historické budově bývalého benediktinského kláštera v obci Svatý Jan pod Skalou a navazuje na tradici učitelského ústavu, který zde byl v letech 1915 – 1942 a vychoval přes tisíc učitelů.
V současnosti škola nabízí pomaturitní studium tříleté denní a čtyřleté dálkové v oborech samostatný učitel mateřské školy a samostatný pedagog volného času. Česká školní inspekce hodnotí školu jako lepší než průměr, která si dlouhodobě udržuje vysoký standard.
V této budově prožíl v dětství část svého života dramatik a herec
Jiří Suchý .
