Původní název obce byl jen "Chuchle", později se vžilo označení Přední a Zadní Chuchle a názvy Malá a Velká Chuchle pocházejí až z období mezi světovými válkami. Roku 1922 byla Malá Chuchle připojena k velké Praze, Velká Chuchle až v roce 1968.
Kostel sv. Jana Nepomuckého ve Velké Chuchli byl postaven roku 1729, a to bohatým polským šlechticem, který se léčil v chuchelských lázních. Při svých procházkách rád chodil na místní vyhlídku, a když se pak uzdravil, dal právě na tomto místě na poděkování postavit kostel.
Na přelomu 13. a 14. století se Chuchle dostala do majetku zbraslavského kláštera, v husitských dobách byla klášteru zabavena, ale v r. 1455 vykoupena zpět a vlastněna zbraslavským klášterem až do r. 1785, kdy byl klášter zrušen a zbraslavské panství přešlo do soukromých rukou.
Nedaleko místa, kde byl kostel postaven, byla již o staletí dříve zbraslavským klášterem zřízena poustevna, v níž až do 16. století žili vždy dva poustevníci. Jejich ostatky byly pak uloženy do krypty kostela a označeny náhrobním kamenem.
Roku 1793 byl kostel vykraden, ukradeny byly i zvony. Poté kostel chátral, opravit jej v letech 1846-49 dala kněžna Oettingen-Wallerstein. V době totality kostel chátral znovu, generální oprava pak proběhla až v letech 1992-1993. Z této doby pochází také kopie obrazu slavné římské Sixtinské Madony.
Z původní výbavy se zachovala nástropní freska v presbytáři, na níž vidíme patrona kostela, sv. Jana Nepomuckého. Čtyři alegorické postavy kolem něho znázorňují jeho ctnosti:
víru, mlčenlivost, dobročinnost a čistotu.
Není zde zavedena elektřina, svítí se svícemi. V kostele není kromě oltáře a lavic téměř žádný inventář, ale díky tomu kostel disponuje jedinečnou akustikou. Díky poloze na srázu nad vltavskou nivou se z půdy kostela otevírají netušené výhledy na Prahu, od Strahova po Cukrák.