Kostel byl uprostřed obce Kunratice u Cvikova postaven v letech 1832 až 1833 na místě farního kostela staršího. Původní kostel zasvěcený svatému Mikuláši byl zničen husity. Kostelní zvony byly zkonfiskovány během první světové války.
V roce 2020 začal projekt Křišťálový chrám na základě dohody mezi místní sklárnou Jiřího Pačinka s obcí Kunratice u Cvikova a místní Římskokatolickou farností Kunratice u Cvikova. Následně byl v kostele instalován křišťálový lustr Trnová koruna od Jiřího Pačinka, který autor kostelu (resp.farnosti) daroval.