Po archeologickém průzkumu, který tu byl konán v roce 1976 je pravděpodobné, že kostel sv. Klimenta je, vedle Vyšehradu, „nejstarší známou svatyní na pravém břehu Vltavy“ v Praze a že se tím patrně řadí „mezi nejstarší kostely Klimentského zasvěcení v Čechách“. (Zdroj: Václav Huml: "Archeologické rozhledy 1977").
Byl postaven v 11. století jako součást předměstské aglomerace v místech vyhrazených německých osadníkům. Později se stal farním a patřily k němu dva hřbitovy, škola a fara. Kosmova a Dalimilova kronika uvádějí, že dominikáni, kteří přišli do Prahy, dostali kostel sv. Klimenta na Poříčanech od krále Přemysla Otakara I. Dominikánům r. 1226 byl tedy dáván do užívání křesťanský kostel, který tu tehdy stál už nejméně dvě stě let. Měl za sebou už období předrománské a dvě fáze staveb románských. Ve 14. století byl románský kostel zbořen a na jeho místě vystavěna jednolodní gotická stavba s věží na severní straně presbytáře. Roku 1784 za císaře Josefa II. kostel byl zrušen a sloužil jako sýpka.
Svého vzkříšení se dočkal v roce 1850, kdy ho koupila česká evangelická církev helvétského vyznání a přizpůsobila ho svým potřebám. V letech 1893-1894 prodělal kostel za vedení arch. Františka Mikše radikální puristickou obnovu. Poslední rekonstrukce proběhla v letech 1975-1981.
Na jižní straně kostela bylo objeveno gotické sedile s profilovaným ostěním a renesanční freskou. Ukázalo se, že pod ní je ještě jiná malba. Bylo rozhodnuto fresku sejmout. Pod ní se objevila gotická malba znázorňující tři anděle, nesoucí draperii.
Kostel ožil v čase, kdy se u nás začala konsolidovat potoleranční evangelická církev. Tehdy se stal kostelem reformovaného pražského sboru, později pak kostelem Českobratrské církve evangelické, vzniklé r. 1918 sloučením českých evangelíků helvetské a augsburské konfese. Dnes je nejstarším kostelem, který tato církev má.
Počátkem dvacátého století se na faře sešli zástupci luterské a reformované církve a vypracovali rezoluci volající po zřízení české evangelické církve. V prosinci 1918 byla spojením obou církví ustavena jedna Českobratrská církev evangelická. Jejím prvním synodním seniorem se stal klimentský farář Josef Souček.
Nedílnou součástí kostela je výrazná věž, vysoká 39 m. V minulosti bývala podstatně nižší než dnes. Současnou podobu získala při obnově kostela na sklonku 19. století. Věžní zdi pak zvýšeny o 5,5 m a opatřeny novou vazbou i pažením. Na vrchol byla umístěna z mědi tepaná a pozlacená báň s hvězdou. Po skončení klempířských prací střecha pokryta břidlicí, a instalován hromosvod. Věž, jejíž půdorys je čtvercový o délce strany 6,2 m, má čtyři podlaží. V přízemí je prostor zaklenutý gotickou klenbou, který slouží jako sakristie. Vnějším šnekovým schodištěm se vystoupí do prvního patra a odtud až nahoru schodištěm uvnitř věže.
¨
Zrušení východní kruchty, vestavěné do apsidy kostela, si vyžádalo demontáž varhan. Byl to nástroj firmy K. Petr na Žižkově. Na ně hrával přes padesát let skladatel a hudební znalec prof. Jaromír Urbanec. Jednou na ně hrál i Dr. Albert Schweitzer. Ukázalo se, že varhany mají svůj čas za sebou a že bude třeba opatřit nové. Sbor se k tomu rozhodl 1979. Požádal prof. Dr. Jiřího Reinbergera o posudek, ten vyzněl pro varhany nové. Byly objednány u firmy Varhany-Krnov (Rieger-Klos) a za finanční pomoci různých přátel v cizině zakoupeny. Kolaudace varhan proběhla v r. 1980. Jsou to neobarokní varhany s mechanickou trakturou, tónovou i rejstříkovou, mají tři manuály, pedál a 27 znějících rejstříků.
Sv. Kliment (Klement, Clemens) poznal osobně apoštoly a snad byl vysvěcen přímo sv. Petrem. Podle chronologie Petrových nástupců stál v čele církve přibližně v letech 92-99.
Legenda vypráví:
že . . . "odsouzencům v lomech pro nedostatek vody hrozila smrt žízní. Při modlitbě Kliment spatřil beránka a na místě, kde beránek hrabal kopýtkem, se zázračně objevil pramen vody. Po tomto zázračném objevení se vody, mnoho pohanů přijalo křest. Proto císař Traján rozhodl Klimenta usmrtit. Byl vyhnán na Krym a na císařův rozkaz někdy v letech 100–101 vhozen do moře s kotvou uvázanou okolo krku. Moře pak prý každý rok v den výročí smrti ustupovalo o dvě míle a odkrývalo svatyňku, ve které věřící mohli uctívat tělo mučedníka. Krymští křesťané jeho tělo pohřbili a nad jeho hrobem vystavěli kapli."
Klimentův hrob později upadl v zapomenutí. Objeven byl až slovanským apoštolem Cyrilem. Slovanští misionáři Konstantin (Cyril) a Metoděj později přinesli ostatky sv. Klimenta do Čech .
Kostely zasvěcené sv.Klimentu bývaji na místech poblíž brodů řek nebo kde jsou vodní hladiny.
